クリア後の特典として、次のものがあります。
・クリアデータの各パイロットの撃墜数を全て引き継ぎます。
・クリアデータの獲得資金&BS&PPを全て引き継ぎます。(2週目：50%、3週目：75%、4週目～：100%)
また、ノーマルおモードの他に、EXハードモードが追加。さらに、両方の主人公でクリアをするとスペシャルモードが用意されている。
■EXハードモード
・機体と武器の改造不可/パイロット養成不可/強化パーツ購入不可
・敵ユニットは改造済み/難易度、常にHARD
■スペシャルモード
・機体・武器ともに15段階改造可能
・強化パーツ全種類最初から所持の状態でプレイできます。